管理科學與工程系是清華大學經濟管理學院歷史最為悠久的系之一。其前身為清華大學管理工程系，于1979年成立，并開始招收管理工程專業研究生，1980年招收首屆本科生。1984年，經濟管理工程系擴建為清華大學經濟管理學院。1981年獲得“系統工程”博士授予權。1985年，建立管理科學與工程博士后流動站。2001年管理科學與工程學科被評為國家重點學科。 管理科學與工程系現有在職全職教師二十余人，并聘有多名國外資深學者擔任訪問教授。本系教師承擔多項國家自然科學基金和部委的研究課題，同時也承擔許多來自企業的研究課題。目前擁有電子商務實驗室、軟科學實驗室、企業資源規劃（ERP）實驗室等多個開放式研究平臺。主要研究方向包括管理信息系統、供應鏈管理、電子商務、企業信息化、復雜系統建模與決策、商務智能與決策支持系統、系統工程、數據模型與模糊信息處理、運籌學、優化模型、統計模型及其商業應用等。系主任：陳劍教授。